Gastroenterologická ambulance provádí vyšetření pacientů s poruchami a chorobami trávicího traktu, ultrasonografická vyšetření, gastrofibroskopii, koloskopii a rektosigmoideoskopii. Dále vede dispenzář pacientů s vybranými onemocněními trávicího traktu a hepatální poradnu.